主要原因是：1、专项附加扣除凭证的收集、认定，五个扣除项，将涉及公司大部分员工。如果一个超过百人的企业，可想而知HR要花费多少时间去收集、整理、确认、分类、保管这些凭证；2、法律责任和风险明显增加。如扣除凭证的确认、保管、保密、按时正确完成年终汇算清缴等等；3、企业实行薪资保密制度，员工也希望家庭情况保密；4、年末调整，时间短，企业HR或财务人员算薪工作量巨大；5、既要体现薪酬管理价值，又要合理合法的降低和控制用工成本，这对当前的HR是一个考验；
业务流程外包，强调企业只做自己擅长、核心的业务，同时从外部获取、、低成本的服务，从而实现企业精简和瘦身，更好适应迅速变化的市场环境。薪酬是一切人力成本的起点，例如你的社会保险基数、个税、残保金、福利费等，都是根据员工薪酬走的。要降低人力资源成本，首先就得调整资基数，如何保证员工到手收入的情况下调整工资基数就成了各人力资源外包公司的核心竞争力。
薪酬福利体系是一个公司必有的体系，代发工资也是薪酬福利外包的核心部分，代发工资服务也是人力资源业务流程外包服务的一个重要组成部分， 代发工资近几年被企业广泛采纳，一是因为很多企业面临财务的问题，例如说无法满足外派员工发薪报税需求，报表繁多，程度不够，耗时耗力且经常出错，员工工资扣缴错误，尤其社会保险入税后，因缺乏的薪酬设计能力，造成人工成本高企，大型人力资源公司则有足够的大数据和人员帮助企业处理一块的业务。
企业薪酬管理面临的问题：
一、薪酬结构及水平如何设计、调整企业职位系统、绩效系统、能力评价系统，市场水平、企业预算等多种条件下如何确定薪酬结构与水平。
二、大规模处理，考勤资料统计、薪酬成本计算、奖金计算、薪酬总额核算、纳税申报等。
三、跨地区薪酬管理，不同地区物价水平的差距、社会保险、税收政策的差异及经常性的调整，往往成为企业拓展跨地区业务所需的管理能力瓶颈。